อำเภอตากใบ ได้จัดตั้งขึ้นเป็นอำเภอตั้งแต่เมื่อวันที่ 12 สิงหาคม พ.ศ. 2452 (ร.ศ.128) แต่เดิมสมัยครั้งที่รัฐกลันตันอยู่ในการปกครองของไทย พื้นที่อำเภอตากใบขึ้นอยู่ในการปกครองของเมือง กลันตัน ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 5 ไทยต้องเสียดินแดนบางส่วนให้แก่อังกฤษ ในสมัยที่ปกครองมลายู ซึ่งรวมกับรัฐกลันตันด้วย และอังกฤษพยายามจะผนวกดินแดนส่วนของอำเภอตากใบเข้าไปอยู่ในเมืองกลันตัน แต่ทางไทยก็พยายามหาเหตุผล และข้อเท็จจริงมายืนยันต่ออังกฤษว่า เมืองนราธิวาสจนถึงตากใบ เป็นที่อยู่อาศัยของชาวไทยมาแต่เก่าก่อนตั้งแต่สมัยโบราณนับเป็นร้อย ๆ ปี โดยอ้างเอาวัดชลธาราสิงเห ซึ่งเป็นวัด ที่ชาวไทยได้สร้างขึ้นมานับร้อยปีแล้ว เป็นหลักฐานยืนยันว่าชาวไทยที่อยู่ที่ตากใบมานานก่อนที่ชาวมลายูจะเข้ามาอยู่ ในที่สุดรัฐบาลอังกฤษที่ปกครองมลายูก็จำยอมด้วยเหตุผล ดังนั้นจึงได้ทำสนธิสัญญา ตาบาขึ้นเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2451 (ร.ศ.127) เพื่อตกลงเรื่องอาณาเขตระหว่างไทยกับมลายู โดยกำหนดเอาแม่น้ำสุไหงโกลกเป็นเส้นกั้นอาณาเขตการปกครอง และให้ตากใบขึ้นอยู่กับเมืองระแงะ มณฑลปัตตานี ของประเทศไทย
ต่อมาพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ทรงมีพระราชดำริ ให้ย้ายศาลากลางว่าการเมืองระแงะ มาตั้งอยู่บ้านมะนาลอ และได้พระราชทานชื่อเมืองเป็น “เมืองนราธิวาส” และตากใบได้เปลี่ยนมาเป็นอำเภอตากใบ ของจังหวัดนราธิวาส จนถึงปัจจุบัน
คำว่า “ตากใบ” ตามประวัติกล่าวว่า มีคนชื่อ ตาบา มาตั้งรกรากถิ่นฐานอยู่เป็นคนแรก ต่อมามีคนมาอยู่อาศัยเพิ่มมากขึ้นจนเป็นชุมชนใหญ่ขึ้น กลายเป็นหมู่บ้านซึ่งเรียกกันว่า “บ้านตาบา” อยู่ในตำบลเจ๊ะเห และได้เรียกเพี้ยนมาเป็น “ตากใบ” ต่อมาเมื่อวันที่ 12 สิงหาคม 2452 (ร.ศ.128) ได้ประกาศกฤษฎีกายกฐานะตำบลเจ๊ะเห ตั้งเป็นอำเภอเรียกว่า “อำเภอตากใบ” ตั้งที่ว่าการอำเภออยู่ที่ หมู่ที่ 3 ตำบลเจ๊ะเห มีขุนสมานธาตุวิสุทธิ์ (เปลี่ยน กาญจรันย์) เป็นนายอำเภอตากใบคนแรก
ปัจจุบัน อำเภอตากใบ ได้จัดตั้งมาเป็นเวลาย่างเข้า 104 ปี มีนายอำเภอตากใบจำนวน 36 คน และปัจจุบันนายประยูร พุทธชาติ เป็นนายอำเภอตากใบ